Vallée du Cousin : Avallon, Pontaubert, Magny
La rive droite du ruisseau d'Island : Island
Vallée de l'Argentalet : Saulieu, Saint-Didier
Etang de Romanet : La Roche-en-Brenil
Etang de Vaudin : La Roche-en-Brenil
Etang de Vernon : La Roche-en-Brenil
Vallon des Foultères : Ménessaire
Etang Fortier : Champeau-en-Morvan
Prairies de Champeau : Champeau-en-Morvan
Etang Morin : Champeau-en-Morvan
Vallée du Cousin, Etang de la Chevrée : Saint-Agnan, Champeau
L'Etang Neuf : Alligny-en-Morvan
Mont Préneley, Source de l'Yonne, Etang des Roches, les Vaillants, les Vernes, la Belle Perche : Glux-en-Glenne, Villapourçon Saint-Prix
Vallées de la Dragne et la Maria : Préporché, Villapourçon, Moulins-Engilbert, Fâchin
Gorges de l'Yonne à Montreuillon : Montreuillon, Epiry, Mouron-sur-Yonne
Etang du Moulin du Bois : Lormes
Gorges de Narvau : Lormes
Vallée du Touron : Château-Chinon, Arleuf, Corancy
Champ des Beuchots, ru de la Verdière : Quarré-les-Tombes, Marigny-l'Eglise
Le Grand Montot : Arleuf, Roussillon-en-Morvan
Etang de la Creuse et Bruyères de Chaumailles : Brassy, Dun-les-Places
Vallée du ruisseau de Bussière : Lormes, Vauclaix, Gâcogne
Bois au Maire, les trois bornes : Saint-Brisson
Roches du Chien, futaie du Breuil : Dun-les-Places
Etang et Bois de Bouquin : Dun-les-Places
Montbé, Moulin Caillot : Gouloux, Saint-Brisson
La Grande Vente, Forêt d'Argoulais : Montsauche
Champ-Gazon, le Vernet, Palmaroux : Montsauche
Vallée de la Cure entre Grosse et le lac des Settons, queue du lac des Settons : Moux, Gien-sur-Cure, Planchez
Nataloup, Moulin de Nataloup : Montsauche
Le Vernay : Saint-Brisson
Gorges de la Cure, Saut de Gouloux : Montsauche, Gouloux
Vallée du Chalaux : Brassy, Ouroux-en-Morvan
Etang de Pontarnaux : Dun-les-Places
Tourbière du ruisseau des Blancs : Saint-Agnan
Les Brondes : Saint-Brisson
Etang Taureau : Saint-Brisson
Chaumont, la Gutteleau : Planchez
Bois des Avers : Moux-en-Morvan
Le Chaz : Arleuf, Château-Chinon, Campagne
Etang des Hâtes : Champeau-en-Morvan, Alligny-en-Morvan
Etang des Vernets : Alligny-en-Morvan
Les Couturiers : Larochemillay
Teureau Brunot : Alligny-en-Morvan
Vallée de la Dragne : Villapourçon
Le Croc de l'Ours : Sermages
Vallée de l'Oussière, Eperon barré du Fou de Verdun : Corancy, Planchez, Lavault-de-Frétoy
Etang de Pierre : Saint-Martin-du-Puy
Ruisseau de Fouanche : Lormes, Saint-Martin-du-Puy
Roches de Glenne : La Grande-Verrière
Roches de Montcharmont : Saint-Prix
Bois l'Abbesse : Saint-Prix
Forêt de Saint-Prix : Saint-Prix
La Goulotte : Saint-Prix
Le Pavillon : Roussillon-en-Morvan
La Croisette : Saint-Prix, Roussillon-en-Morvan
Gorges de la Canche : Roussillon-en-Morvan
Etang de Poisson : Saint-Léger-sous-Beuvray, La Comelle
Forêt d'Anost : Anost
Vallée de la Cure de Chastellux à Saint-André-en-Morvan : Chastellux-sur-Cure, Saint-André-en-Morvan
Vallée de la Cure : Pierre-Perthuis, Domecy-sur-Cure
Pelouses et bois clairs des monts Lignon et Bottrey : Fontenay-près-Vézelay
Vallon des Paluds, Roche des Fées et Etang du Griottier Blanc : Quarré-les-Tombes
Rocher de la Breuillotte, Bois l'Abbé, Bois de Ravin : Quarré-les-Tombes, Saint-Léger-Vauban
Bois de Mont : Quarré-les-Tombes
Buttes de Beuxtiau et Galimard : Givry, Asquins, Montillot, Blannay
Le Vernidard : Saint-Andeux, Saint-Germain-de-Modéon, Saint-Léger-Vauban
Lentille calcaire de Cussy-en-Morvan : Cussy-en-Morvan
Vallée de la Gagère : Cussy-en-Morvan, Chissey-en-Morvan
Source de la Cure : Anost
Le Châtelet, Fontaine Ronde, la Proie : Arleuf, Fâchin, Saint-Prix
Mont Beuvray : Glux-en-Glenne, Villapourçon, Larochemillay, Saint-Léger-sous-Beuvray
Etang du Haut et de Marrault : Magny, St-Germain-des-Champs
Etang de Boussons : Saint-didier-sur-Arroux
Etang de Chénomenne : Thoisy-la-Berchère
L'Arroux d'Etang à Autun : Autun, Etang-sur-Arroux, Laisy, Brion, Monthelon.
MontVigne : Pouques-Lormes
Uchon : Uchon, La Tagnière, St-Eugène, Charmoy